斑点叉尾鮰全基因组破译成功

中国水产频道报道,日前,江苏省淡水水产研究所联合深圳华大基因研究院、中国水产科学研究院淡水渔业研究中心等多家科研单位,成功破译斑点叉尾鮰全基因组,相关研究成果在《GigaScience》杂志上在线发表(High-quality genome assembly of channel catfish, Ictalurus punctatus)。 斑点叉尾鮰原产于美国,是目前美国养殖技术最为成熟、养殖产量最高的种类。上世纪80年代引入我国后,鮰鱼产业得到了快速发展,相继突破了养殖、繁殖、饲料、加工出口等环节技术难关,形成了从苗种繁育、养殖、加工、市场营销完整的产业链条,成为我国出口美国的主要品种之一。江苏省淡水水产研究所承担建设了国家级斑点叉尾鮰遗传育种中心,经过近十年的科研攻关,建立我国斑点叉尾鮰核心基础繁育群体,通过BLUP育种技术,已成功构建三个世代群体,并选育出杂交新品种“江丰1号”,引起国内外业界的关注。 该研究基于全基因组鸟枪法测序(Whole Genome Shotgun Sequencing, WGS)策略,对一尾雌性斑点叉尾鮰进行全基因测序并获得了高质量的组装序列,其基因组大小为0.845Gb, contig N50和scaffold N50分别为48.5kb、7.2 Mb。基于斑点叉尾鮰转录组数据以及斑马鱼、河豚、青鳉、弹涂鱼和金龙鱼等同源基因信息,在基因组中注释了21,556个蛋白编码基因。此次全基因组测序的完成,不仅为研究人员从基因组水平挖掘斑点叉尾鮰生长、体色、免疫和繁育等重要性状的分子机制提供了科学指导,而且也为鱼类基因组演化、性别决定和分化机制等理论研究奠定了重要基础,尤为重要的是为下一步斑点叉尾鮰全基因组分子育种和品种改良扫清了障碍。 该研究成果于2016年8月22日发表于《GigaScience》杂志,论文网址:http://gigascience.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13742-016-0142-5(DOI: 10.1186/s13742-016-0142-5)。据汤森路透社发布2016期刊引证报告,《GigaScience》的SCI影响因子为7.463,在综合性期刊类别中排名全球第六。 :斑点叉尾鮰 全基因组 破译 水产养殖

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